这里是截至2024.1.7的目录,按照理论、技术和论文阅读进行了初步分类。
你可以通过每个条目后的链接进入该文章,也可以在博客初始界面点击感兴趣的tags,迅速找到某一类文章,希望能对你有所帮助🎉
1. 理论学习
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生信理论学习:
- 功能富集分析。
https://hermit200.github.io/post/gong-neng-fu-ji-fen-xi-bi-ji.html - 序列比对、进化树构建。
https://hermit200.github.io/post/xu-lie-bi-dui-bi-ji.html 、https://hermit200.github.io/post/jin-hua-shu-xue-xi-bi-ji.html - 蛋白质互作分析的实验技术
https://hermit200.github.io/post/dan-bai-hu-zuo-shi-yan-fang-fa-xiao-zheng-li.html
-学会使用PyMOL可视化蛋白
https://hermit200.github.io/post/PyMOL-jian-dan-jie-shao.html
- 功能富集分析。
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机器学习理论:
- 回归方法(线性回归、对数几率回归)。
https://hermit200.github.io/post/xian-xing-hui-gui-bi-ji.html 、 https://hermit200.github.io/post/dui-shu-ji-lv-hui-gui-%EF%BC%88Logistic%20Regression%EF%BC%89-bi-ji.html - 分类算法(支持向量机 SVM、决策树)。
https://hermit200.github.io/post/zhi-chi-xiang-liang-ji-%EF%BC%88SVM%EF%BC%89-bi-ji.html 、https://hermit200.github.io/post/jue-ce-shu-bi-ji.html - 贝叶斯分类器。
https://hermit200.github.io/post/bei-ye-si-fen-lei-qi-bi-ji.html - 集成学习方法。
https://hermit200.github.io/post/ji-cheng-xue-xi-bi-ji.html
- 回归方法(线性回归、对数几率回归)。
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深度学习模型:
2. 代码技术
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Python:
- python基础
https://hermit200.github.io/post/Python-ji-chu-zhi-shi.html - 掌握了 Pandas、NumPy 数据分析基础。
https://hermit200.github.io/post/NumPy%20-xue-xi-bi-ji.html 、https://hermit200.github.io/post/Pandas%20-xue-xi-bi-ji.html - Scikit-learn 的机器学习框架实践。
https://hermit200.github.io/post/Scikit-Learn-xue-xi-bi-ji.html - 学习了使用 Anaconda 管理环境。
https://hermit200.github.io/post/Anaconda-jian-dan-jie-shao.html
- python基础
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R 语言:
- 涉及功能富集分析和统计绘图方法。
https://hermit200.github.io/post/R-yu-yan-xue-xi-bi-ji.html
- 涉及功能富集分析和统计绘图方法。
3. 论文阅读与科研实践
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阅读文献:
- 阅读了《Definition of the effector landscape across 13 phytoplasma proteomes with LEAPH and EffectorComb》
https://hermit200.github.io/post/%E3%80%8ADefinition%20of%20the%20effector%20landscape%20%E2%80%A6%E2%80%A6%E3%80%8B-yue-du-bi-ji.html
- 阅读了《Definition of the effector landscape across 13 phytoplasma proteomes with LEAPH and EffectorComb》
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科研尝试:
- 在阅读《POOE: predicting oomycete effectors based on a pre-trained large protein language model》文献基础上,尝试复现论文模型、实现代码并优化。
- 尝试自己使用预训练模型提取蛋白特征并完成模型训练。
https://hermit200.github.io/post/lun-wen-%E3%80%8APOOE-%20predicting%20oomycete%20effectors%20%E2%80%A6%E2%80%A6%E3%80%8B-de-du-hou-tan-suo.html